复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系卫生部部属“专业”医院，是集医教研为一体的综合性儿童专科医院。儿科学重点学科、国家“211工程”重点建设单位。最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。多次被评为上海市文明单位。医院定位：立足上海、服务、辐射亚洲。目标成为及亚洲儿童医学中心之一；成为儿科医学教育向辐射的中心；成为国际儿科学术交流的主要桥梁。现核定床位330张，开放床位400张。职工900余人，博士17名，硕士25名，高级职称医师92人。是医学会儿科学分会医师委员单位，有16位医师在医学会儿科学领域的相关学组及其它性医学专业组织中担任领导职务。医院专业设置齐全，是上海市第一家小儿涉外医疗中心和亚洲国际救援中心。新生儿科是卫生部重点项目和上海市医学重点学科，呼吸急救专业是上海市医学领先专业重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症诊治中心；中医性早熟专科是上海市中医特色专科。医院共有39个临床医技科室；肾脏病、肿瘤、癫痫、肝病等8个医疗诊治中心；近年来，在开展一氧化氮吸入、亚低温及连续血液净化等新技术的应用，并成功开展肝肾移植、复杂联体婴儿分离手术等，达国际、专业。拥有各种专业的医疗检测设备和检验技术。复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，年在读研究生近200名，进修生100余名。

医院实行住院医师规范化培养，已通过卫生部专科住院医师培训试点基地的评审。每年举办国家级继续教育学习班22期。承担中美基金会（CMB）基层医院医师急救及新生儿培训项目等。儿科医院为科研工作的重要研究基地，医院新生儿专业和心血管专业先后领衔主持"七五"、"八五"、"九五"和"十五"国家攻关课题研究。目前医院承担国家级科研项目13项，省部级科研项目22项。曾获国家科技进步奖三等奖1项、二等奖1项，省部级科技进步奖11项，上海市局级科技进步奖共计50余项。每年发表科研论文200余篇，多次获得中青年优秀论文一等奖。138篇论文被SCI收录，1999年医院排名第19位，为前20名中的专科医院。2005年被批准成立卫生部“新生儿疾病重点实验室”，2006年成功主办《儿科循证杂志》和《儿科学》中文版创刊发行。医院高度重视对外学术交流，每年接待外宾讲学80余次，出国访问讲学和参加国际会议论文交流20余人次。先后与10多个国家与地区以及10多个地区的医学机构建立了友好协作关系，2005年12月，与JOHNSHOPKINS大学医学国际部签署了建立“长期战略合作伙伴关系”的协议。成功举办上海市儿科国际学术会议3次，亚太等地区性内分泌、肾脏病、川崎病、心血管、小儿药理学研讨会多次。2004年4月与新生儿协作网联手，开办“中加高级新生儿医师培训班”，由专业医师来院执教，是亚太地区高级新生儿医师培训基地。“2005’上海国际儿科论坛”为儿科学领域规模较大，出席外宾最多的一次，得到同行一致好评。在各级政府的大力支持和关心下，2004年9月起在上海市闵行区顾戴路、万源路新建一所具有21世纪标志性现代化儿童医学中心。2007年下半年将竣工施用。新院占地160亩，总建筑面积78,015㎡,床位450张。新院充分体现智能、合理、经济、节能、专业环保的建筑和管理理念，原址枫林路将保留相当规模的门急诊部和儿童医疗国际部，以适应病人的需求，并与上海市徐汇枫林生命科技园区建设相匹配。五十四年来，儿科人以“团结奋进，严谨创新”的院训时刻勉励着，以“勤奋敬业，无私奉献”的精神不断努力着，始终贯穿“以人为本”的服务理念，构建和谐稳定的医院文化，凝聚人心，营造规范有序的良好氛围，在享有一定声誉。